マルチドメインSSL証明書は本来IPアドレスごとに1FQDNだった SSL ホストを、1IPアドレスで複数のFQDNに対応させるものです。
要するにhttpsでも名前ベースのバーチャルホストが使えるようになります。

Apache 2.2.12 以降で SNI(Server Name Indication)という SSLプロトコルに対する拡張機能がサポートされ、そのモジュールが mod_gnutls になります。

ただ Server Name Indication - Wikipedia, the free encyclopedia にある通り、SNI は Windows XP の IE ではサポートされないなど、まだまだ一般的使うには早そうです。

今回、さくら VPS サーバの Ubuntu 上でセットアップしたのでまとめておきます。

mod_gnutls をインストール・適用

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# apt-get install libapache2-mod-gnutls
# a2enmod gnutls

/etc/apache2/ports.conf を編集

mod_ssl は一応コメントアウト、mod_gnutil を有効にする。SSLStrictSNIVHostCheck はSNIに未対応のブラウザがデフォルトのCommon Nameを参照するように off にする。

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#<IfModule mod_ssl.c>
# # If you add NameVirtualHost *:443 here, you will also have to change
# # the VirtualHost statement in /etc/apache2/sites-available/default-ssl
# # to <VirtualHost *:443>
# # Server Name Indication for SSL named virtual hosts is currently not
# # supported by MSIE on Windows XP.
# NameVirtualHost *:443
# Listen 443
#</IfModule>
<IfModule mod_gnutls.c>
Listen 443
NameVirtualHost *:443
SSLStrictSNIVHostCheck off
</IfModule>

サイトの設定

デフォルトを無効にして、それぞれのサイト定義ファイルを作りSSLの設定を各VirtualHost内に定義します。パスは共通の証明書なので同じなります。

デフォルトサイトの無効化
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# a2dissite default-ssl
/etc/apache2/sites-available/first.domain.com

first.domain.com のサイト定義を作成

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<VirtualHost *:443>
ServerName first.domain.com
SSLEngine on
SSLCertificateFile /etc/apache2/ssl.crt/server.crt
SSLCertificateKeyFile /etc/apache2/ssl.key/server.key
SSLCACertificateFile /etc/apache2/ssl.crt/ca-bundle.crt
( 省略 )
</VirtualHost *:443>
/etc/apache2/sites-available/second.domain.com-ssl

second.domain.com のサイト定義を作成

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<VirtualHost *:443>
ServerName second.domain.com
SSLEngine on
SSLCertificateFile /etc/apache2/ssl.crt/server.crt
SSLCertificateKeyFile /etc/apache2/ssl.key/server.key
SSLCACertificateFile /etc/apache2/ssl.crt/ca-bundle.crt
( 省略 )
</VirtualHost *:443>
サイトの有効化
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# a2ensite first.domain.com-ssl
# a2ensite second.domain.com-ssl

再起動して反映

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# /etc/init.d/apache2 restart

ちなみに実際使った証明書は SSL Certificates | Secure Your Data & Transactions - GoDaddy の Multiple Domains UCC になります。

また、当初 mod_sslで動かしてもとりあえず動作しました。エイリアス扱いのFQDNサイトのエラーログに、CNが異なるという旨の警告ログがたくさん出てしまいました。