Webアプリケーションを作るときにXMLファイルの読み込みなどでファイルを指定するとき、ユニットテストかWebアプリケーションサーバか、WindowsかUNIXか、とプラットフォームでパス指定が変わってくる。URL クラスのインスタンスを使用するのが良いみたい。Digester などはそのまま URL で指定できる。
URL から File にするには、URI を経由する。

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URL url = 〜;
File file = new File(url.toURI());