どうもアイコンの参照がうまくいかなかった。いろいろ試した結果アイコン定義をしておくのがいいようだ。

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<Icon Id="MySoft.ico"  SourceFile="MySoft.exe" />
<Directory>

<Component Id="MySoftMain" Guid="…">
<File Id="MySoft.exe" Name="MySoft.exe" KeyPath="yes" Source="MySoft.exe">
<Shortcut Id="MySoftShortcut" Directory="ProgramMenuFolder" Name="MySoft"
Icon="MySoft.ico" IconIndex="0" Advertise="yes" WorkingDirectory="INSTALLDIR" />
<Shortcut Id="MySoftStartupShortcut" Directory="StartupFolder" Name="MySoft スタートアップ"
Icon="MySoft.ico" IconIndex="0" Description="MySoft をスタートアップ" Arguments="/T"
Advertise="yes" WorkingDirectory="INSTALLDIR" />
</File>
</Component>

</Directory>

『Shortcut の Target は Feature の IDを指定する。』、結局そういう記述をしなかったが、有用なページだったのでリンク
http://www.ondotnet.com/pub/a/dotnet/2004/04/19/wix.html